冷凍干燥機(jī)通過冷卻降溫，這是壓縮空氣中的水蒸氣凝結(jié)成水滴，從而降低水分含量。冷凝液滴通過自動排水系統(tǒng)排出機(jī)器。只要干燥器出口下游管道的環(huán)境溫度不低于蒸發(fā)器出口的露點(diǎn)溫度，就不會發(fā)生二次冷凝。
冷凍干燥機(jī)的簡要操作流程如下：
一：冷凍前準(zhǔn)備
1、材料應(yīng)均勻地放置在材料托盤中，材料厚度不應(yīng)超過10mm。材料溫度傳感器應(yīng)放置在材料的適當(dāng)位置并固定。
2、將盛有物料的托盤放在凍干架上，然后放入冷井中，蓋上保溫蓋。
3、打開總電源開關(guān)。冷凍干燥結(jié)束后，如需向干燥室充入氮?dú)猓ɑ蚱渌栊詺怏w），應(yīng)先將排水口的氮?dú)獬淙肜渚遥瑳_洗排水口管，然后關(guān)閉排水口閥門。
二：物料預(yù)凍結(jié)
物料的預(yù)凍是冷凍干燥過程中的關(guān)鍵步驟，預(yù)凍過程的質(zhì)量直接影響產(chǎn)品的質(zhì)量。物料預(yù)凍結(jié)過程可分為慢速凍結(jié)和快速凍結(jié)。用戶可根據(jù)具體需要靈活操作設(shè)備，實(shí)現(xiàn)物料的有效預(yù)凍。例如：
1、緩凍：將準(zhǔn)備好的物料放入冷井中，蓋上保溫蓋，打開壓縮機(jī)，開始預(yù)凍；
2、速凍：先打開壓縮機(jī)，等待冷井室溫度下降到一定溫度，然后將準(zhǔn)備好的物料放入冷井，開始預(yù)凍；
三：冷凍干燥操作
1、預(yù)凍結(jié)束后，關(guān)閉放水進(jìn)水閥。
2、材料架從冷井室提出，放在備用活動硬塑料盤上（均放在冷井室上方），然后蓋好有機(jī)玻璃蓋。如果物料被壓蓋裝置冷凍干燥，則在物料被預(yù)冷凍后，迅速將物料從預(yù)凍架轉(zhuǎn)移到壓蓋裝置的貨架上，壓蓋蓋好。
3、系統(tǒng)在設(shè)備操作面板上運(yùn)行。按“真空泵”鍵，真空泵工作，按“真空表”鍵，顯示真空度。待真空度達(dá)到30Pa左右后，按“加熱”鍵開始冷凍干燥過程，干燥開始按預(yù)設(shè)的工藝程序進(jìn)行。
四：關(guān)機(jī)操作
1、打開冷凍干燥機(jī)的排水進(jìn)水閥，使空氣（或氮?dú)獾榷栊詺怏w）緩慢進(jìn)入冷井室內(nèi)（真空度顯示數(shù)字恢復(fù)），按真空泵鍵停止真空泵。
2、依次按“真空表”和“壓縮機(jī)”鍵，關(guān)閉真空表和壓縮機(jī)。
3、如果是壓蓋系統(tǒng)，順時針旋轉(zhuǎn)有機(jī)玻璃氣缸上的操作桿，直到按下三層瓶塞。之后，逆時針旋轉(zhuǎn)手柄，恢復(fù)托盤位置，為下一步取出托盤做準(zhǔn)備。
4、取下有機(jī)玻璃蓋，取出物品存放。
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